成立于1993年8月的肿瘤科，是南京地区较早开展肿瘤化疗的专业科室，经过二十多年的迅速发展，目前已成为南京医科大学十一·五期间重点学科、江苏省重点临床专科、江苏省癌痛规范化治疗示范病房、国家药物临床试验肿瘤专业机构。承担南京医科大学五年制本科生、硕士生、博士生及留学生的教学工作。获得国家发明专利授权3项、江苏省科学技术奖二等奖1项(排名第二)、中华医学科技奖三等奖1项(排名第二)、江苏医学科技奖一等奖1项、江苏肿瘤医学科学技术奖三等奖1项、江苏省卫生计划生育委员会“医学新技术引进奖”一等奖3项、二等奖6项。获得国家自然科学基金项目9项、江苏省自然科学基金面上项目3项、江苏省 “科教兴卫工程”创新团队与领军人才基金2项、江苏省医学重点人才基金1项、厅级课题14项、市级及校级重点课题18项。发表SCI收录论文99篇，单篇最高影响因子8.8。参与编写教材3部、副主编专著1部。

肿瘤科开放床位65张，医护人员33名，其中主任医师5名、副主任医师4名、副主任护师2名；教授1名、副教授4名；博士生导师2名、硕士生导师5名；江苏省“333工程”第二层次1人，第三层次1人，江苏省医学重点人才1名；江苏省 “科教兴卫工程”创新团队与领军人才1人、江苏省十三五期间强卫工程医学创新团队1人、青苗人才2人；博士（在读）8名、硕士6名。 江苏省优秀硕士毕业论文指导老师1人、首届南京医科大学研究生学术之星优秀指导老师1人、南京医科大学优秀老师1人。省级专业委员会副主任委员1人。 

自2009年来肿瘤科已成功举办国家级继续教育学习班4届、省级继续教育学习班7届。在美国进行博士后研究2人、德国吕贝克大学医院研修临床肿瘤学1人。